El tema del origen del maíz ha estado sujeto a controversias desde hace bastantes años. Se cuenta con teorías descabelladas al respecto, como la emitida por Silvia Rendón, en el año de 1953, que sostenía que el maíz era originario de la cuenca del Danubio o de Transcaucasia; y la debida a un tal León Croizat quien afirmaba que la planta se había originado en Asia. Sin embargo, estas teorías no han podido sostenerse ya que no existen pruebas evidentes y científicamente sustentables, anteriores a las mazorcas encontradas antes de 1492 que puedan corroborar tales hipótesis.
En cambio, en ciertas regiones de lo que posteriormente sería Mesoamérica y en el desierto de Tamaulipas, se han encontrado indicios de ocupaciones humanas durante el Protoneolítico, en donde se prueba que los pobladores ya cultivaban ciertas plantas tales como el guaje y la calabaza, cuyos restos nos dicen que pertenecieron al Cenolítico Superior. O sea, que ya practicaban la agricultura. Es importante destacar que en 1948, en la llamada Cueva del Murciélago, en Tamaulipas, el arqueólogo Richard Mac Neish encontró restos de maíz, cuyo fechamiento remitía a una antigüedad de por lo menos 3,500 años a.C. Poco después, los científicos George Wells Beadle, José Luís Lorenzo, y González Quintero hallaron un teocinte –maíz silvestre- más antiguo en la Mesa del Guaje, Tamaulipas que databa de 7, 040 años, y que recibió el nombre de Euchlaena Mexicana Schaeder. Asimismo, se ha encontrado polen de maíz en sedimentos bajo la ciudad de México que datan de hace 80,000 años de antigüedad.
Aún no se tiene muy en claro cuál fue el origen del maíz pues los investigadores no se han puesto de acuerdo. Sin embargo, la teoría más aceptada es aquella que propone que el maíz se originó de teocintle, palabra náhuatl que significa “maíz de los dioses”. El teocintle, Euchaena Mexicana, es una planta de las cicadáceas, de tallo subterráneo, cuyo fruto tiene pequeños granos y hojas rígidas que terminan en una especie de espiga. Tal teoría se confirma por el hecho de las muchas similitudes que presenta con el maíz actual; a saber, el gran parecido del teocinte con los antiguos maíces; igual número de cromosomas (2n=20); además, muchos de los genes del teocinte se encuentran en el maíz; a más de que el cruzamiento natural de ambas produce descendencia fértil.
Por medio del fechamiento del Carbono 14 efectuados en sitios arqueológicos en Coxcatlan y las Abejas en el Valle de Tehuacán, Puebla, sabemos que el maíz era ya consumido en México entre 7,000 y 5,000 años a.C. Las mazorcas que se encontraron en este sitio arqueológico eran pequeñas, pues medían entre 3 y 4 centímetros de largo, y no poseían muchos granos. Habían de pasar ml años para que dichas plantas fuesen domesticadas por los indios prehispánicos, para llegar a ser la planta que conocemos actualmente.
El teocinte fue domesticado a partir de dos plantas de cuatro hileras de granos, que al ser cultivados produjeron el primer maíz que se conoció en Mesoamérica. El cómo fue domesticada esta maravillosa planta, sigue siendo un absoluto misterio que algún día las investigaciones aclararán. Sin embargo, se sabe sin lugar a dudas que fueron los olmecas los primeros mesoamericanos que lo aprendieron a cultivar. Esta teoría está ampliamente avalada por Enrique Flores Cano quien afirma que tal hecho ocurrió entre 1,500 y 3000 a.C.
Los pueblos indígenas americanos son básicamente grupos humanos en los que su cultura ha tenido como base de su agricultura al maíz. Su domesticación dio origen a la sedentarización de los pueblos nómadas, a la urbanización de las incipientes aldeas y a la división del trabajo. Para 3,500 a.C. el cultivo de diversas plantas, y particularmente del maíz, era ya una actividad fundamental en la vida de los pueblos asentados en los que conocemos como el área cultural de Mesoamérica; es decir, la región cultural comprendida en el centro de México, que baja desde el río Fuerte, hasta los valles del Bajío, los territorios de Guatemala, El Salvador y Belice, Honduras, Nicaragua y Costa Rica. Área pluricultural que Paul Kirchhoff denominó el Complejo Mesoamericano; básicamente determinado por culturas que cultivaban el maíz, empleaban calendarios rituales de 260 días y civiles de 365, llevaban a cabo sacrificios humanos en sus ceremonias, tenían una compleja estructura estatal, construían pirámides, usaban la coa, el juego de pelota ceremonial, contaban con un sistema teocrático, y rendían culto a la fertilidad, entre otras características más.
En Mesoamérica encontramos a las grandes culturas del centro de México, el área maya, Oaxaca, Guerrero, el Occidente, y algunas de Centroamérica. Por ejemplo en las culturas del Valle de México, el maíz se cultivó en chinampas y en tierra firme. Como instrumento básico se utilizaba la coa, palo en forma de azada que servía para remover la tierra. La roza se efectuaba por medio de hachas. Cuando el terreno se encontraba limpio, se removía, se abonaba y se regaba. La tierra se amontonaba alrededor de las tiernas plantas y se quitaba la flor masculina de los elotes maduros.
Parece ser que el maíz llegó a suelos panameños entre el quinto y tercer milenio a.C. y de ahí se fue extendiendo hacia el sur de América, pues además de Mesoamérica, el maíz fue cultivado en casi todo el continente americano, aun cuando no como principal alimento, que sólo lo fuera de las culturas mesoamericanas y las del suroeste de Estados Unidos, como en la cultura anasazi, antecedente de la actual cultura hopi.