La isla de San Juan de Ulúa se llamaba anteriormente Chalchihuecan, “el lugar de las faldas hermosas”. En la época anterior a la llegada de los españoles tenía un adoratorio dedicado al dios Tezcatlipoca el Espejo Negro que Humea, dios del Cielo y de la Tierra. Posteriormente, se edificó en el lugar una fortaleza que tardó más trescientos años en ser construida, misma que tenía el propósito de contener las invasiones de los piratas, de los corsarios, y demás grupos extranjeros que llegaban al Puerto de Veracruz con el afán de robar. Al capitán Hernán Cortés se debe su inicial edificación.
Cuando Juan de Grijalva realizó su segunda expedición desde Cuba por órdenes del gobernador Diego de Velázquez, después de haber estado en Tabasco y haber cometido toda una serie de desmanes, continúo su exploración hasta llegar a una isla que los indígenas llamaban Kulúa. Grijalva le puso a la isla San Juan de Ulúa, cambiando un poco la fonética de la palabra indígena kulúa incapacitados intelectualmente como eran la mayoría de los invasores. Poco después de haber llegado a la isla, Pinotl, Yaotzin y Teuciniyocan, señores mexicas importantes que se encontraban acantonados en Veracruz, y acompañados de los guías Cuitlapíltoc y Téntli, tomaron contacto con el capitán español, quien, so pretexto de entablar relaciones comerciales, quería enterarse de las riquezas que hubiese. Grijalva prometió que volvería.
Enterado Cortés, el 22 de abril de 1519 acudió presto a la isla, con su escuadra y once buques de diferentes tamaños, y se entrevistó con el señor cacique de Cuextlan, Teudile, y con Yohualichan, sacerdote de profesión. Los indígenas deseaban, por órdenes de Moctezuma, conocer qué propósitos llevaba el extremeño, y éste llevaba en la mira encontrar oro que calmara su infinita ambición. Según constata el cronista soldado Bernal Díaz del Castillo: Y después, obra de media hora que hubimos surgido, vinieron dos canoas muy grandes (…) y en ellas vinieron muchos indios mexicanos, y como vieron los estandartes y el navío grande conocieron que allí habían de ir a hablar al capitán. Y fuéronse derechos al navío, y entran dentro y preguntan cuál es el tatúan (…) y doña Marina le mostró a Cortés, y los indios hicieron mucho acato a Cortés a su usanza y le dijeron que fuese bienvenido. Cortés les ofreció de beber y de comer y les regaló cuentas azules que no valían nada pero que gustaron mucho. Los emisarios indígenas se fueron muy contentos.
Al siguiente día, los hombres de Cortés, desembarcaron su artillería y sus caballos. Era el Viernes Santo de la Cruz. Cerca de trescientos soldados juntaron madera para construir chozas para Cortés y sus capitanes. Al otro día, llegó Pitalpitoque, quien más tarde se llamaría Obandillo, con muchas personas para ayudar a los españoles a construir sus chozas, y les llevaron gallinas y tortillas para comer; a más de joyas de oro que obsequiaron a Cortés. Y así siguieron los indios ayudando a la estancia de los españoles. El capitán mandó construir un altar y Fray Bartolomé de Olmedo se encargó de oficiar una misa cantada a la que asistieron los principales y el gobernador indígenas. Después de haber comido, el Capitán informó a los indios que venían de parte de un gran señor que era emperador y se llamaba Carlos, quien deseaba la amistad con el tlatoani Moctezuma. Añadió que quería ver al jefe de ellos, a lo que los mexicas replicaron que aún no era tiempo. Cortés les dio cuentas baratas y se mostró interesado en que los que quisiesen fueran con él pata canjearles las horribles cuentas azules por oro. Teudile llegó un día acompañado de varios pintores quienes hicieron el retrato de Cortés y de sus capitanes, así como de sus navíos y artillería, para enviárselos a Moctezuma y de esta forma los conociese.
Después de que Cortés visitó algunos pueblos totonacos y que consiguió la cooperación de éstos para llevar a cabo su conquista (los muy traidores), decidió fundar la Villa Rica de la Vera Cruz con su ayuda, a poca distancia donde se encontraba la fortaleza llamada Quiauiztlan. La fortaleza se empezó a construir por 1535, para proteger al puerto que se había construido en Veracruz y que eran tan importante y necesaria para la llegada de los galeones que traían mercancía de España, así como para acoger a los viajeros que arribaban a tierras mexicanas. La primera fortaleza tardó en construirse cerca de ciento setenta y dos años principalmente con piedras múcara –obtenida de los arrecifes de coral-, sobre el bajo llamado La Gallega.
Los primeros frailes jesuitas ( no nos referimos a los dominicos) que llegaron a canonizar a los indios en México, arribaron en el año de 1572 a San Juan de Ulúa, y se alojaron en un lazareto que ahí había y que contaba con una capilla. El primer virrey de la Nueva España, don Antonio de Mendoza, temeroso de ataques piratas y corsarios contra los territorios conquistados, mandó que se reforzara la fortificación con un revellín (fortificación triangular que se coloca al frente de las fortalezas) para colocar cañones en alto y que hicieran mayor la torre inicial. A la llegada del virrey don Martín Enríquez de Almanza, se colocaron en la fortaleza los cañones del corsario Hawkins que había atacado Veracruz, pero que fuera vencido militarmente. En 1584 constaba Ulúa de una muralla con dos torres, un aljibe, dos mazmorras y una sala de armas, y se contaba con importantes piezas de artillería para su defensa.
Sin embargo, la fortaleza seguía débil para contener los ataques, no fue sino hasta que en 1681, el virrey conde de Monclova, contrató a Jaime Franck, para que se hiciese un trabajo serio. Fue entonces cuando Lorencillo, el pirata, atacó Veracruz y la fortaleza no sirvió para mucho. Y así siguieron las remodelaciones y los saqueos de San Juan a través de los años hasta la época del general Carranza, para quedar como es actualmente: las plazas de armas de Santa Catarina y de Nuestra Señora del Pilar, el polvorín, el panteón, La Media Luna, los cuatro baluartes (de San Pedro, San Crispín, La Soledad y Santiago), las dependencias donde vivían las guardias principales, El Palacio del Gobernador, las galeras destinadas a los reos, los cuarteles, los almacenes, y una capilla situada frente a la entrada principal, más una tienda que vendía cosas necesarias para sus habitantes del reducto y que llevaba el nombre de La Bayuca, más los calabozos llamados El Infiernillo.
Después de haber pasado por varias batallas internacionales y nacionales, entra ellas la lucha de independencia, y de ser sede del poder ejecutivo de Venustiano Carranza en 1915, y penitenciaría, actualmente es un museo, desde 1984.