Coyohuacan es el nombre náhuatl para designar a nuestro actual Coyoacán. El significado de la palabra ha sido objeto de varias interpretaciones, algunas de ellas incorrectas. Por ejemplo, para el historiador Manuel Orozco y Berra (1816-1881) significaba “coyote flaco”. En cambio, Manuel Delgado afirmaba que la palabra quería decir “lugar de los pozos de agua”; a su vez, un fraile historiador llamado José Ignacio Borunda (1740-1800) sostenía que el significado era “territorio de agua del adive o coyote”. Sin embargo, para Antonio Peñafiel (1830-1922) y el filólogo Cecilio Robelo (1839-1916), “coyohuacan” debe traducirse como “lugar de los que poseen coyotes”, traducción que es la más aceptada. El ex cronista de Coyoacán Luis Everaert apoya esta teoría y nos dice: …siguiendo a León Portilla, se justaría la intromisión del coyote en el toponímico si se considera que, aparentemente, Coyoacán estaba consagrada a una de las más importantes deidades del panteón mexica, Tezcatlipoca (Espejo Humeante), cuyo nahual, era precisamente, ese cánido depredador. El glifo de Coyohuacan es un coyote con un círculo en el vientre, como posible indicador fonético, identificado como coyoni, “agujerearse”, escogido debido a la abundancia de coyotes en la zona. Ya lo decía fray Bernardino de Sahagún en su obra conocida: Hay en estas tierras un animal que se dice cóyotl, al cual algunos de los españoles llaman zorro, y otros lobo, y según sus propiedades a mi ver no es lobo ni zorro, sino un animal propio de esta tierra, es muy belloso, de larga lana; tiene cola gruesa y muy lamida; las orejas pequeñas y agudas, el hocico largo…
En la etapa prehispánica, Coyohuacan se asentaba en el trecho que iba de Churubusco a Chimalistac a donde llegaban caminos que venían de Mixcoac y de Tenochtitlan. La mitad del territorio estaba ocupado por el Lago de Xochimilco, uno de los cinco que formaban la cuenca lacustre del valle del Anáhuac. Antes de que en la zona de Coyoacán se asentaran aldeas, transitaban grupos nómadas. Pero ya pero el Período Preclásico (1,200 a.C.-200 d.C.) las aldeas vivían de la agricultura, más la recolección y la cacería que completaban la alimentación.
La población de Coyoacán la fundaron los colhuas de Culhuacan, de filiación otomangue, que se asentaron en el año 670 d.C. en el valle y comenzaron su dominación en algunas aldeas como Malinalco, Mizquic, Xochimilco, Cuitlahuac, Ocuillan, y Coyohuacan, a la que convierten en tributaria. Los acolhuas “los que tienen antepasados del agua”, de estirpe chichimeca, cuya salida de Chicomoztoc se debe a Xólotl, personaje mitad mítico mitad histórico, se asentaron primeramente en Xoloc, y después en Tenayocan (ca. 1224) y la zona occidental del Lago de Xochimilco. Fundaron la ciudad Acolhuacan, cerca de Tenochtitlan, pero la ciudad principal de los acolhuas fue Tetzcoco.
En el año de 1332, Coyohuacan se libró de la dominación acolhua y pasó a ser sometida de los nahuas tepanecas de Azcapotzalco. En 1410, Maxtla inicia su gobierno en Coyohuacan. Esta tlatoani y caudillo tepaneca fue el último gobernante independiente del señorio de Azcapotzalco, hijo de Tezozómoc, el tepenecatecuhtli hijo de Acolnahuacatzin y Cuetlaxochitzin, quien le diera el gobierno de Coyoacan. Poco después Maxtla se convertiría en el usurpador del trono de su padre, mismo que correspondía a su hermano Quetzalayatzin, a quien se lo había dejado Tezozómoc. Ya en el poder, Maxtla decidió emprender la conquista de Tenochtitlan y Tetzcoco, la capital del reino acolhua, pero por alianzas de otro hijo de Tezozomoc con los integrantes de la Triple Alianza, Maxtla retorna a Coyohuacan en 1430, donde organiza una fuerte resistencia. Pero es capturado por Nezahualcóyotl, que lo degüella. Aunque a decir de Domingo Francisco de San Antón Muñón Chimalpaín Cuauhtlehuanitzin, cronista indígena de la Nueva España, huyó a Chalco y nunca se tuvieron más noticias de él.
Con la victoria mexica, Coyoacán fue la primera de las ciudades tepanecas que cayeron. La venganza se había cumplido. Pues según cuentan las crónicas, Maxtla había humillado a los embajadores mexicas invitados a la fiesta del templo de Coyohuacan, cuando los vistió de mujeres y los trató como a tales. Eso originó que Tenochtitlan interrumpiera el comercio con Coyoacán y, una vez derrotados, la quema del templo de la ciudad sureña. Además, debieron de pagar un alto tributo y ceder tierras a los guerreros y señores mexicas.
En 1430, la Triple Alianza derrota a Azcapotzalco y cede la ciudad de Coyoacán a los belicosos mexicas.
Bajo el gobierno tepaneca, en la zona inicial de Coyoacán se fundaron nuevos barrios: Coapan, Tepetlapan, Los reyes Quiahuac Xotepingo y Copilco.
A la llegada de los españoles, los coyoacanenses se aliaron con los invasores y le juraron lealtad eterna al Rey de España, Carlos V, e iniciaron su propia devastación cultural, comenzando por la destrucción de sus propios templos y la construcción de la primera capilla católica en la zona. ¡Cosas veredes, mio Cid!